(공초점 현미경) 형광으로 표지된 시료를 정확한 초점으로 영상화 함으로써 시각적으로 아주 예쁜 이미지를 만들 수 있으나, 광원으로 가시광선을 이용하기 때문에 해상도가 120 nm 정도라는 분해능의 한계와 형광으로 표지를 해야 한다는 단점.
(전자 현민경) 1 nm 이하의 분해능을 가져 아주 미세한 구조까지 시각화 할 수 있다는 장점이 있지만, 광원으로 전자빔을 사용하기 때문에 현미경의 내부를 진공으로 유지해야 하고 살아있는 시료를 관찰하는 것은 불가능.
(정량 위상 현미경) 살아있는 세포를 형광 물질 등의 전처리 없이 있는 그대로 관찰하고 정량화할 수 있다는 장점이 있지만, 시료를 둘러싸고 있는 매질과 시료의 투명성에 의존한다는 한계.